Верховье реки – участок от слияния Шилки и Аргуни до города Благовещенск длиной 883 км. По характеру эта часть Амура напоминает горную реку. Она имеет извилистое русло и течет между горами со скоростью 6-8 км/ч.

От Благовещенска до Хабаровска — 975 км — река становится заметно шире и полноводней. Течение Амура до 5,5 км/ч похоже на спокойную, равнинную реку. Широкое русло изрезано многочисленными протоками, которые называют «разбоями». Только в одном месте — на протяжении 150 км — река течет одним руслом, проходя через красивый каньон. Рядом с Благовещенском, практически, на территории города, в Амур впадает красавица Зея. Она настолько широкая, что многие считают, будто Амур является притоком Зеи, а не наоборот. Сейчас споры об этом приутихли, и географы признали, что река Зея – приток Амура.Попасть в верхнее и среднее течение Амура можно только по пропуску пограничной службы. В основном сюда едут любители рыбалки и охоты.

Нижняя часть долины реки идет от Хабаровска до Амурского лимана. После устья Уссури, течение еще более замедляется. Река протекает по долине с широкой поймой с многочисленными рукавами и озерами. Нижний Амур находится только на территории Российской Федерации, поэтому пограничный пропуск оформлять не надо. Наводнения на реках Дальнего Востока почти не зависят от таяния снегов в горах. Гораздо большее влияние оказывает муссонный климат, приносящий обильные дожди в пойму Амура. По этой причине разливы могут проходить с ранней весны до конца лета и даже осенью.